最典型的外观畸形为眼角上挑、内眼角赘皮和小头。其他可能出现的畸形有：面部扁平、颈背部堆积较多皮肤、耳朵位置较低、手掌短宽、只有一条掌纹（断掌）、第一脚趾和第二脚趾间隙较宽等。

可有生长发育迟缓，身材矮小，以及各种先天畸形，如先天性心脏病等。

与多种免疫损害有关，可使患者出现免疫力低下。对于有免疫缺陷的患者最重要的是注意预防感染性疾病以及在出现免疫损害后的尽早对症治疗。

智力障碍，几乎所有的唐氏综合征个体都有智力障碍，但损害程度不同。大多数患者为轻度或中度智力障碍，智商：35～70。

眼部异常影响视力，眼部疾病的发生会随年龄增加而增多。

大约一半患者有先天性心脏病。

肺部疾病，常见有睡眠呼吸暂停（睡眠中频繁出现呼吸暂停，常伴有响亮鼾声）。

胃肠道畸形，如十二指肠闭锁或狭窄，发生于 2.5% 的患者中。

自闭症是唐氏综合征的一种常见并存疾病，7% 的患儿可出现；此外，患者还可有多种精神行为障碍。

50%～70% 患者可发生中耳炎，损害听力。

唐氏综合征患者白血病的发生率远高于普通人群。

生殖功能异常，几乎所有男性成年患者都不育，少部分女性成年患者具有妊娠能力。

甲状腺疾病和 1 型糖尿病在唐氏综合征患者中也较常见；

寰枢关节（第一颈椎与第二颈椎之间）不稳，可致步态不稳、瘫痪等。

大多数患儿伴有良性皮肤病，如掌跖角化症（手掌和脚底角化过度，角质层异常增厚）。青春期时皮肤问题会更加困扰，多有毛囊炎。

唐氏综合征患者泌尿系统异常的几率也高于普通人群。