甲状腺发育不良：大部分的先天性甲状腺功能减退症和甲状腺发育不良有关，比如：甲状腺异位、甲状腺发育不全、甲状腺缺失等。其中约 1/3 的人为甲状腺完全缺失。
甲状腺激素合成障碍：先天性甲状腺功能减退症的第二大常见原因，是甲状腺在合成和分泌甲状腺激素的过程中缺少一些必要的「催化剂」，造成甲状腺激素不足。
下丘脑-垂体性甲状腺功能减退：下丘脑和垂体都属于脑的一部分，它们能控制甲状腺分泌甲状腺激素。如果下丘脑和垂体出问题，也会导致先天性甲状腺功能减退症。
甲状腺激素不能被正常利用：这种病因非常罕见。甲状腺可以正常地合成甲状腺激素，但甲状腺激素却不能被身体正常利用。
母亲有疾病或孕期服用药物：母亲有自身免疫性疾病，体内有抗 TSH 受体抗体，或在孕期服用抗甲状腺药物，有可能会导致先天性甲状腺功能减退症。但一般都是暂时性的，患儿通常在 3 个月后好转。
孕妇饮食缺碘：小部分的先天性甲状腺功能减退症和孕妇饮食缺碘有关，多发生在缺碘的山区。随着我国食盐加碘政策的实施，缺碘导致的先天性甲状腺功能减退症已明显减少。