窦房传导阻滞大多见于心脏病患者，冠心病最常见，因冠脉供血不足使窦房结周围组织细胞缺血损伤。也见于高血压性心脏病、风湿性心脏病、心肌病、心肌炎、先天性心脏病等。
各种疾病引起窦房结周围组织细胞老化、退行性硬化、纤维化、脂肪化或淀粉样变，也会引起窦房传导阻滞。
药物中毒也可导致窦房传导阻滞，多为暂时性的，如洋地黄、奎尼丁、胺碘酮、β 受体阻滞剂等。
白喉、流感等传染性疾病引起窦房结病变，也可发生窦房传导阻滞。
各种原因使血液里钾浓度显著高于正常时，也会引发窦房传导阻滞，如肾衰竭、酸中毒等。
少数健康人在领带过紧或头颈突然转动时，刺激或压迫颈动脉窦，反射性引起迷走神经高度兴奋，也会发生窦房传导阻滞。