贲门失弛缓症起病隐匿，病情逐渐进展。就诊时患者的症状通常已存在数年。
贲门失弛缓症大多在 20～60 岁发病，症状缓慢地在数年里进展。男女患上贲门失弛缓症的几率相当。
本病典型表现有进食固体或液体食物时吞咽困难，非酸性的未消化食物反流，胸骨后饱胀感甚至烧灼感、胀痛，长期呃逆。食管内潴留物的反流造成误吸（特别是在卧位时），可以反复发生肺部感染（咳嗽咳痰、发热等）。为了克服远端食管梗阻，病人吞咽时可能采取一些特定的动作促进食管排空，如伸长颈部、向后开肩等。
部分患者可出现胸骨后疼痛、烧心，较年轻患者更常发生胸痛，治疗通常无效，但往往会在数年中逐渐减轻。
体重减轻通常轻微，但部分患者可能出现明显的体重减轻。
吞咽困难迅速进展且体重显著减轻提示恶性肿瘤引起的假性贲门失弛缓症。
原发性贲门失弛缓症的病因尚不明确，很可能是自身免疫因素导致的一种食管壁神经元炎症性变性。
继发性贲门失弛缓症由引起与原发性贲门失弛缓症症状相似的食管运动异常疾病导致，包括锥虫病，神经纤维瘤病，嗜酸细胞性食管炎，幼年型干燥综合征等等。