血液系统表现：本病起病缓慢，患者常有面色苍白、乏力、耐力下降、头晕、心悸等贫血的表现。重者可出现全血细胞减少，反复的感染和出血。少数患者可出现轻度黄疸。
消化系统表现：患者口腔粘膜、舌乳头萎缩，舌面呈「牛肉样舌」，可伴舌痛。胃肠道粘膜萎缩可导致食欲缺乏、恶心、腹胀、腹泻或便秘。
神经、精神症状：患者可出现对称性的远端肢体麻木感、深感觉障碍；共济失调或步态不稳；味觉、嗅觉降低；锥体束征阳性、肌张力增加、腱反射亢进；视力下降、黑曚症；严重者可出现大小便失禁。患者的精神症状可表现为抑郁、失眠、记忆力下降、谵妄、幻觉、妄想甚至精神错乱、人格变态等。
摄入减少：完全素食者因摄入减少导致 Vit B12 缺乏，一般经过 10～15 年才会发展成 Vit B12 缺乏。
吸收障碍：是 Vit B12 缺乏最常见的病因，可见于：
内因子缺乏，内因子在十二指肠与 Vit B12 结合成内因子 -B12 复合物，保护 Vit B12 不受胃肠道分泌液的破坏，并帮助 Vit B12 进入肠上皮细胞。内因子缺乏可见于恶性贫血、胃切除、胃黏膜萎缩等；
胃酸和胃蛋白酶缺乏；
胰蛋白酶缺乏；
肠道疾病；
先天性内因子缺乏或 Vit B12 吸收障碍；
药物（对氨基水杨酸、新霉素、二甲双胍、秋水仙碱和苯乙双胍等）影响；
肠道寄生虫或细菌大量繁殖消耗 Vit B12。
利用障碍：先天性转钴蛋白 Ⅱ 缺乏引起 Vit B12 输送障碍；麻醉药氧化亚氮可将钴胺氧化而抑制甲硫氨酸合成酶，从而影响 DNA 的合成。