根据病因分类，有多种分类体系，大致分为酒精性慢性胰腺炎，非酒精性慢性胰腺炎。后者还可细分为包括胆道疾病，代谢因素，遗传因素导致的慢性胰腺炎。其中有一类特殊的自身免疫性因素导致的慢性胰腺炎，被称为自身免疫性慢性胰腺炎。
从病理角度，马赛-罗马 1988 标准提出将慢性胰腺炎分为梗阻性，钙化性，和炎症性三种，各自可以细分更多的类别。这一病理分类法构成了现在的主流认识框架。
根据疾病严重程度，曼彻斯特2006标准将其分为轻度、重度、终末期慢性胰腺炎。
内分泌功能损害主要表现为因胰岛萎缩导致的胰岛素分泌不足，继而出现血糖升高。糖尿病是确诊慢性胰腺炎的一个重要参考指标。
外分泌功能损害的主要原因是分泌胰液的胰腺腺泡萎缩，蛋白酶、脂肪酶等分泌不足，导致进食后消化不良，油脂消化不充分无法吸收出现脂肪泻，营养吸收障碍继而出现体重减轻等表现。
胰腺的慢性炎症波及邻近的腹腔神经，胰管节段性的狭窄与扩张导致胰管梗阻、腔内压力升高，胰管内结石等因素，可导致腰背部及上腹部疼痛。疼痛是慢性胰腺炎最主要的特征性表现。由于病情不一，疼痛模式也存在差异，初期可表现为间断发作或持续存在，逐渐加重的疼痛，后续可能出现改变，到胰腺正常组织毁损及纤维化后，疼痛可能反而得到缓解。
在慢性胰腺炎的基础上产生胰腺假性囊肿，炎性肿块等，依据其所在位置不同，可出现相应的临床表现。如：压迫胆管出现梗阻性黄疸；压迫十二指肠出现进食梗阻等临床表现。