• 特异性肛瘘：是由克罗恩病、结核、淋巴肉芽肿等引起的肛瘘，如果原发病未得到控制容易反复发作；
• 非特异性肛瘘：是由一般的化脓性感染引起的肛瘘，治疗后效果较好，不容易复发。

• 单内口瘘：只有内口和瘘管，没有外口，又称为盲瘘；
• 内外瘘：既有内口又有外口，内口大多开在直肠肛管内，外口开在肛周皮肤上，瘘管将内外口相连。

• 高位肛瘘：即位于肛管直肠环以上的瘘；
• 低位肛瘘：即位于肛管直肠环以下的瘘；
  注：其中肛管直肠环是直肠肛管周围的肌肉组成的一个近似环形的围绕肛管的结构，这一结构既能维持肛管在不排便时的闭合，又能在排便时开放肛管，如果其中的一些肌肉损伤，可能影响肛管的闭合，造成大便失禁。

• 直瘘：瘘管为直行的条索状；
• 弯瘘：瘘管形状呈弯曲状；
• 马蹄形瘘：肛门左右两侧均有外口，瘘管呈马蹄铁状。

• 括约肌间肛瘘：瘘管穿过内括约肌间在内、外括约肌间下行，开口于肛缘皮肤。
• 经括约肌肛瘘：瘘管穿过内括约肌和外括约肌深、浅部之间。
• 括约肌上肛瘘：瘘管向上穿过肛提肌，然后向下经坐骨肛门窝穿出皮肤。
• 括约肌外肛瘘：瘘管穿过肛提肌而直接与直肠相通。
  注：该分型又称为 Parks 分型，是医生们最常用的肛瘘分类法，可以帮助医生制订更合适患者的手术方法 ^[3]。

• 单纯性肛瘘：只存在单一的瘘管；
• 复杂性肛瘘：存在多个瘘口和瘘管 ^[4]。

肛门直肠周围脓肿：90% 以上的肛瘘是由「肛门直肠周围脓肿」进展而来的 ^[1]。肛管内的肛隐窝腺被细菌感染后，发生化脓，脓液积聚形成肛门直肠周围脓肿；若不及时治疗，脓肿破溃、脓液流出、瘘管形成，即为发展为肛瘘 ^[1]。
而肛瘘外口的皮肤愈合，导致脓液无法排出，会再次形成脓肿，从而形成恶性循环。如果感染进一步扩散，还可能造成全身性的严重感染。病程久的肛瘘可能形成多个外口及支管，支管间可互相沟通，形成复杂性肛瘘。

其他疾病：克罗恩病、性病性淋巴肉芽肿、结核、直肠肿瘤、肛管外伤等也是导致肛瘘的常见原因，约占肛瘘的 10% 左右 ^[1]。