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根据你的描述：孩子目前是3月龄婴儿，反复腹泻2周，一天5-6次，有粘液，大便多在奶后，大便常规提示有白脓细胞，轮状病毒弱阳性。口服布拉氏酵母菌、蒙脱石散、锌剂，孩子腹泻好转慢。有反复鹅口疮。
综合上述情况，分析和建议：
1.孩子反复腹泻，次数多，有粘液，精神状态可，大便常规化验看到明显的白脓细胞，需要警惕细菌性肠炎，但目前时间并不长（白脓细胞时间），暂时可以不用抗生素，但如果下次复查仍然较多白脓细胞，加用抗生素。
轮状病毒可能是假阳性，可以继续观察，必要时复查。但病毒性的肠炎。没有特效药，处理原则上都是一样的。
2.可以继续口服布拉氏酵母菌，一次一包，一天一次，温凉水冲服。继续蒙脱石散，一次1/3包，一天三次，要求餐前一小时服用，而且1/3包要求对17毫升的温凉水。
3.腹泻时间偏长，而且孩子出现吃奶后腹泻次数多，需要警惕合并继发的乳糖不耐受，那是因为腹泻本身或者病毒感染引起的。这种情况下可以加用乳糖酶，或直接改成无乳糖奶粉。
如果是母乳喂养的孩子，建议先加用乳糖酶，推荐康丽赋品牌的乳糖酶，每次母乳前先挤出15毫升的前奶，再加入6到8滴的康丽赋，等待15分钟之后，宝宝吃下这部分前奶，再继续亲哺，需要每次母乳前都这么处理。
理论上补充乳糖酶是最佳选择。但乳糖酶的作用效果与乳糖的量、乳糖酶量及酶在胃肠道维持的活性有关，口服时易被胃酸破坏其效价，所以可能临床实际应用中效果就因人而异了，如果使用乳糖酶一礼拜之后效果仍不理想的，可以直接换用无乳奶粉。
4.母乳喂养的妈妈需要注意这几天饮食上需要清淡、容易消化，避免高油高糖的食物，高糖分的水果也不要吃。注意给孩子腹部保暖，避免受凉，再次加重腹泻。
5.但妈妈还需要警惕另一种情况就是奶蛋白过敏，长时间不好转需要高度怀疑。可以完善血常规（主要看嗜酸性粒细胞规）和免疫球蛋白（主要看ige）。如果考虑奶蛋白过敏，最主要的治疗措施就是回避牛奶蛋白。中华医学会儿科学分会建议对于牛奶过敏存在持续和(或)严重过敏症状的婴儿，应完全回避含有牛奶蛋白成分的配方奶和食物，选择氨基酸配方奶粉或深度水解蛋白配方奶粉。
6.家中注意观察孩子精神状态、胃口、体温、小便量等情况，如果出现嗜睡或烦躁哭闹、持续发热、无尿或少尿、抽搐、粘液血便等情况，需要及时就医，需要进一步复查血和大便，看有否严重脱水、电解质紊乱、酸碱失衡等情况，是否需要纠酸、补充电解质等处理。
7.反复鹅口疮的治疗：碳酸氢钠溶液擦洗鹅口疮，一天3次，再用制霉菌素涂抹患处，每日涂抹3-4次。10-14天。治疗期间，可以口服益生菌，帮助改善肠道菌群。由于此菌比较顽固，难于根除，因此一般要进行多个疗程才能彻底治愈。如果宝宝用安抚奶嘴或吃奶粉，每天用沸水把这些器具煮20分钟，在每次喂奶后，将奶瓶在沸水中煮沸3-5分钟。如果宝宝吃母乳，宝宝的鹅口疮也可能会传染给乳头，此时，需要将乳头同宝宝的鹅口疮一起治疗，乳头可用兰美抒外涂，一天2-3次，每次哺乳期清冲洗再小苏打清洗。
长期应用制霉菌素肯定不好，其他看真菌的药物副作用更大，所以小婴儿的鹅口疮还是应用制霉菌素。最好一次治疗彻底，不然反反复复治疗的话更不好。
8.总的来说，现在可以先继续益生菌、蒙脱石散，加乳糖酶或者无乳糖奶粉，效果不理想，可以加用抗生素，还不行建议换深度水解奶粉。关注精神状态、小便量。
希望我的答复对你有所帮助，也祝愿孩子早日康复。