根据你提供的情况，基本了解病史，看化验单后考虑，孩子为上呼吸道感染所致的败血症，病史中描述持续发热约6天，血培养提示葡萄球菌阳性，说明血中有细菌存在，（除非化验不准确）。24号的血系列白细胞数基本接近正常，有贫血存在，但C反应蛋白仍有偏高，说明治疗有效果，但仍有炎症存在。但不知发病一开始的血系列做过没有，如有，可以做治疗前后对比，以判断疗效。现在孩子体温正常，但一般败血症的疗程为10-14天左右，现在治疗9天，应该再做血培养复查。拉肚子多由于生病后的消化不良及使用抗生素后的正常菌群失调所致。

治疗方面
①因血培养提示该菌对阿奇霉素及青霉素敏感，建议使用青霉素或阿奇霉素，可以口服，也可以静脉输用。用法，阿奇霉素每公斤体重每日10mg，每日一次，每周连用三天，可以对衣原体和葡萄球菌有效。或青霉素肌注射每次80万单位每日二次，或静脉输用，每日二次，每次120万单位。连用5天，或至血培养阴性。
②口服益生菌，可以调理胃肠道功能，帮助消化，推荐布拉氏酵母菌，每日一次，每次一袋。也可以用金双歧杆菌。
③停用中药，因对细菌效果不明显，而且还会增加孩子腹泻次数。不发热，尽量不用退热药。否则孩子有蚕豆病，会加重贫血。
④大便次数多，可以给予蒙脱石散收敛止泻。每次半袋，每日2-3次。
⑤饮食上尽量母乳喂养，吃好消化的辅食，保证营养成分能满足孩子需要，如鸡蛋，菜泥，水果汁，米粉，肉沫等，增强抵抗力，对恢复疾病有帮助。
⑥多喝水，避免由于腹泻导致脱水，必要时给予口服补液盐补充电解质及水分。
⑦保证睡眠时间，生活规律，可以增强抵抗力。

①首先需要复查血培养，因为只有血培养阴性才能认为是恢复的标志。如果培养没有细菌，三天就可以出结果的，五天是因为有细菌还需要做药敏实验的时间。
②现在体温还没有退，说明炎症仍未控制，所以需要继续抗感染治疗。如果指标没有正常，体温不退，是不管输液多长时间的，如果效果不好，需要更换更有效抗生素。
③孩子一开始就有呼吸道的感染，现在的肺炎片子的结果，应该是早期就有的，尤其是支原体或衣原体感染后，可以没有咳嗽，或轻微咳嗽，肺部也不一定能听诊到罗音，拍片可以早期发现原发病灶，所以应该早期就该拍片检查的。
④孩子面色不好，一来生病可以，二来化验有贫血，红细胞和血红蛋白均低。需要按贫血治疗，需要补充铁剂，和增加饮食中的蛋白量。吃富含维生素的蔬菜水果。
⑤甲状腺T3一开始偏高，现在只是促甲状腺激素偏高，T3现在不高，可以暂时不做处理，以观察为主，需要定期复查，如果用抗甲亢的药有可能还会造成甲状腺素减低。

可以现在复查血培养。因为你的孩子可能是混合感染，因为血培养有细菌，前几天化验血系列白细胞总数高，C反应蛋白高，说明感染较重，现在血系列白细胞正常，C反应蛋白有所减低，但还未正常，体温退了，说明治疗有效，但疗程不够，另外化验还有衣原体抗体阳性，不能除外衣原体感染。肺炎的治疗也是抗感染，建议用阿奇霉素和青霉素类药物联合治疗。因为没有作头孢类药物的敏感实验，不好说用头孢类药有没有效果。如果要用，也要用头孢三代的效果好。