胰腺脓肿治疗方法包括内科治疗，穿刺治疗以及外科手术治疗，多半情况下，单用内科支持和抗生素治疗是不够的，因为可能导致脓肿溃破及败血症。

1.内科治疗
内科治疗是胰腺脓肿治疗的基础，积极的抗感染治疗可预防菌血症和脓肿并发症的发生，当外科手术后及经皮穿刺引流，亦需要积极的抗感染治疗，根据病原菌体外培养，针对感染的细菌，合理选择有效抗生素。应用能够透过血胰屏障的抗生素。如不能确定感染菌，一般是多种抗生素的联合应用。其次应用强效胰酶抑制剂，尽可能给予全身支持治疗，补充蛋白、脂肪、糖、维生素、电解质等。

2.经皮穿刺引流
在超声或CT引导下经皮穿刺脓肿，再放置导管引流，可作为胰脓肿的初期或单个脓肿积聚的治疗。但经皮放置的导管较细，很难将坏死物碎屑和稠厚的脓液引流出来，常常需要放置多根引流导管。引流成功率9%～15%，故不能代替手术引流。

3.手术治疗
胰腺脓肿治疗愈早，效果愈好。查出所有脓肿并进行彻底引流，是治疗成功的先决条件。术后脓肿持续存在和复发的主要原因往往是引流不畅。手术治疗的效果在很大程度上取决于诊断是否及时。

胰腺脓肿的预后取决于诊断与治疗的时间早晚，如果诊断延迟，病死率往往明显增加。死亡原因常常是坏死部分引起的脓毒血症，其次尚取决于病因和合并疾病。成功的手术或穿刺引流及必要时再次引流，以求彻底，加上积极的抗感染和支持治疗，一般能治愈胰腺脓肿。若脓肿侵袭邻近脏器，则可引起肠瘘和出血。