您好，感谢您的提问。
1.按您的描述，如果胸部CT仅见1mm左右的结节，其它没有任何问题的话，那么应该不存在肺部感染的问题。如果有咳嗽、白细胞、中性粒细胞和C反应蛋白增高，应该是气管支气管感染，而不是肺部感染，应该给予抗生素抗感染以及止咳祛痰治疗。如果没有白细胞、中性粒细胞和C反应蛋白增高，那么是不支持使用抗生素的。
2.如果长期大量吸烟、咳嗽，应该考虑慢性支气管炎，如果近一个月加重，应该考虑为慢性支气管炎急性发作。除慢性支气管炎外，对于长期大量吸烟的人来说，还需要进行肺功能+支气管舒张试验检查，确定有阻塞性通气功能障碍，如果有的话，就是慢性阻塞性肺病，除了止咳祛痰等治疗外，还需要根据肺功能下降的不同程度，吸入不同支气管扩张剂改善肺功能，并在此次急性发作后长期维持吸入治疗。
3.咳嗽引起上腹部、腰部疼痛，可能是因为咳嗽时胸腔、腹腔压力瞬间增高引起，需要排查腹部或者腰部本身是否存在慢性疾病，建议做腹部脏器（肝胆胰脾肾、肾上腺等）彩超以及腰椎磁共振检查（比如腰间盘突出患者会因为咳嗽时压力增高而引起疼痛）。
4.待肺功能结果出来，可以结合验血结果一起再追问。
5.建议您切实想办法戒烟。
6.肺部1mm的结节一般每年复查一次CT就可以了。