本医院前身为1880年北部台湾基督长老教会的马偕牧师在沪尾（现今新北市淡水区）为进行医疗传道所设立的沪尾偕医馆。1911年宣教师宋雅各医师提议迁址台北市，1912年12月26日医院落成，教会派宋雅各医师担任首任院长，改名为马偕纪念医院，以纪念马偕牧师。目前为台北地区的医学中心，除台北总院外亦有淡水院区、新竹分院、台东分院。