涟水县疾病预防控制中心是根据卫生部关于疾病预防控制体制改革意见，经县机构编制委员会批准（涟编复[2003]16号文），于2003年9月29日在原县卫生防疫站基础上新组建而成的，直属于县卫生局领导的副科级全民事业单位。中心的职责：实施疾病预防控制规划、方案，管理本地区预防接种工作；开展疾病和公共卫生健康危害因素监测，负责疫情和突发公共卫生事件信息收集报告，落实具体防控措施；承担常见病原微生物检验检测和常见毒物、污染物的检验鉴定；开展健康教育，普及卫生防病知识；负责基层疾病预防控制工作的人员培训、业务指导与考核；指导开展群众性除“四害”活动和爱国卫生工作。中心现有固定资产620万元，工作用房2014平方米，其中检验用房占840平方米。拥有原子吸收光谱仪、气相色谱仪、全自动生化分析仪、酶标仪、离子色谱仪、原子荧光分光光度计、生物安全柜、生物显微镜、荧光显微镜、微波消解器、纯水处理器、1/万电子天平、散射式浊度仪、防护χ、γ射线剂量仪、环境级χ、γ剂量率仪、多功能透视摄影系统、数据库/WEB/应用服务器、中心交换机、疫情应急处理工作用车、疫情处理车等一批先进的大型仪器设备，建有艾滋病初筛实验室。具备独立开展8类共计122个理化、微生物检测项目，标志着涟水县疾病预防控制中心实验室具备了按照实验室认证准则开展检测技术的能力。中心积极贯彻公正准确、科学高效的质量方针，加强质量体系运行管理，依照法律法规，客观公正地开展卫生防病监测检验，确保数据准确、结果可靠，为社会各界提供优质高效的服务。建立了涟水县疾病预防控制中心网站。