对于成人，如果囊肿较小，一般不会有不适感，常在喉部检查时发现。如果囊肿较大，就可能会出现咽喉部异物感、呼吸不畅、进食梗阻感等症状。
对于婴幼儿，由于不能准确表达不适的感觉，会厌囊肿往往长到很大，引起吞咽困难、呼吸困难、缺氧青紫等严重症状时才被发现，有可能引发生命危险。
打鼾：会厌囊肿过大可能会导致睡眠时打鼾、憋气。
感染：会厌囊肿可能会合并感染，引起咽喉部疼痛、发热、吞咽困难、甚至呼吸困难。
成人的会厌囊肿一般都是后天性的，是由于喉部炎症、创伤等原因，导致会厌黏膜内的腺体堵塞，分泌物不能顺利排出，腺体肿大逐渐形成囊肿。
儿童或婴幼儿的会厌囊肿大多是先天性的，会厌黏膜下天生长有小囊，随着身体发育，小囊可逐渐扩大并充满液体，形成囊肿。