婴儿肝炎综合征的病因复杂，可分为以下几类：感染、代谢 / 遗传、阻塞、内分泌、中毒、同种免疫和其它原因。
在临床中，这些疾病通常在出生后 2 个月内变得明显，此前为识别婴儿胆道闭锁的关键时期，胆道闭锁是该年龄段患者肝炎综合征的最常见原因。
虽然肝炎综合征的原因多种多样，但胆道闭锁必须尽快与其它因区别开，因为早期手术干预（即 2 月龄前）会使患者的结局更好。
此外，其它可治疗的疾病需要及时诊断以启动有效治疗，例如酪氨酸血症、半乳糖血症、甲状腺功能减退症和感染性疾病。
婴儿肝炎综合征的主要原因包括哪些？
1. 感染包括肝脏的原发性感染和全身感染累及肝脏。
临床上所谓的 TORCH 综合征（优生优育五项检查内容）包括了主要的感染病原，即弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒，以及细小病毒 B19、嗜肝病毒、EB 病毒、柯萨奇病毒 B 组、埃可病毒、腺病毒等。
细菌感染如金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、沙门菌、厌氧菌、肺炎球菌、链球菌等，以及一些人体正常菌群致病（条件致病菌），往往在全身感染时累及肝脏。
近年来梅毒、结核、人类免疫缺陷病毒（HIV）等病原体也开始引起婴儿肝炎综合征。
2. 先天性代谢异常先天代谢异疾病常常可累及肝脏, 但只有少数会引起严重的、持续的肝损害。一般来说，有代谢性累积病变都伴有显著的肝肿大，而有肝损伤者往往为中等度肝肿大。按其种类包括:
碳水化合物代谢异常：如遗传性果糖不耐受症、半乳糖血症、糖原累积症等。其中与肝炎综合征相关的糖原累积症主要有 I、IV 型。
氨基酸及蛋白质代谢异常：酶缺陷使正常代谢途径发生阻滞，其中遗传性酪氨酸血症、高蛋氨酸血症等，可以造成持续性肝脏损伤。
脂质代谢异常：是一组遗传性疾病，由于类脂质代谢过程中某些酶的遗传性缺陷，使得原本能被该酶分解的某些类脂质沉积在单核-巨噬细胞系统及其它组织内，呈现充脂性组织细胞增殖。
如戈谢病、尼曼-匹克病、Wolman 病等。
胆汁酸及胆红素代谢异常：
如进行性家族性肝内胆汁淤积症（PFIC），包括
- PFIC-1 型：Byler 病、FIC1 缺乏、ATP8B1 基因缺陷
- PFIC-2 型: BSEP 缺乏、ABCB11 基因缺陷；
- PFIC-3 型: ABCB4/MDR3 基因缺陷、δ-4-3-氧固醇 5β-还原酶缺陷、氧固醇 7α-羟化酶（CYP7B1）缺陷。
Citrin 缺乏致新生儿肝内胆汁淤积症（NICCD）、Aagenaes 综合征（遗传性胆汁淤积伴淋巴水肿）、新生儿 Dubin-Johnson 综合征（MRP2缺乏症）、Zellweger 综合征（脑-肝-肾综合征）等。
αl-抗胰蛋白酶缺乏症：是由于 αl-抗胰蛋白酶缺乏，中和白细胞弹性蛋白凝固酶等抗蛋白酶作用减弱，使自体组织遭到破怀而致病。
可造成肝细胞损伤、汇管区纤维化伴胆管增生以及胆管发育不良等类型改变。
3. 胆道闭锁、胆管扩张和肝内胆管发育不良
胆道闭锁：是发生于胎儿后期、生后早期及新生儿期的一种进行性病变，由于某种原因导致肝内和肝外胆管的阻塞，使胆汁排泄的通道梗阻，并逐步形成不同程度的胆道闭锁。
多数学者认为围生期感染（特别是病毒感染）所致的炎症病变是导致本病的重要因素，因胆道炎症原因造成胆道闭锁的占 80%，而因先天性胆管发育不良造成胆道闭锁者仅占 10%。
先天性胆管扩张症：又称先天性胆总管囊肿，是一种由于多种因素参与的先天性发育畸形。
胚胎时期胰胆分化异常，胆总管和胰管未能正常分离，胰液返流人胆管，胆总管远端狭窄，胆道内压力增高，Oddi 括约肌神经肌肉功能失调，是本病的综合致病因素。
Caroli 病：又称先天性肝内胆管扩张症，为常染色体隐性遗传，以男性多见，一般以复发性胆管炎为主要特点。可伴有先天性肝纤维化，肝外胆管扩张或其它纤维囊性病。
其它如 Alagille 综合征、新生儿硬化性胆管炎、胆管狭窄、胆汁粘稠 / 黏液栓等。
4. 内分泌
如垂体功能减退症（视神经发育不良）、甲状腺功能减退症。
5. 毒性作用
如药物作用、胃肠外营养相关性胆汁淤积（PNAC）等。
6. 同种免疫
如妊娠期同种免疫性肝病（新生儿血色素沉着）。
7. 其他
包括肠梗阻、肝内占位病变及累及肝脏的全身恶性疾病，如郎罕细胞组织细胞增生症、噬血细胞淋巴组织细胞增生症等；以及 21-三体综合征等染色体异常疾病。
部分病例病因不明。
婴儿肝炎综合征会遗传吗？
部分会遗传。
如上病因所述，先天代谢异常属于遗传性的疾病，染色体、基因的缺陷会遗传给下一代，引起婴儿肝炎综合征。具体遗传方式也因具体疾病而有不同。
婴儿肝炎综合征会传染吗？
部分会传染。
如果是由传染性病因导致的婴儿肝炎综合征，明确病因后，则归类在传染病范畴，按传染疾病隔离管理。