疼痛：原发性尿道结石常是逐渐长大或位于尿道憩室内，早期可能没有明显的疼痛症状，继发性尿道结石多由肾输尿管或膀胱结石排入尿道，突然卡在尿道内，常会感到局部剧烈疼痛和排尿痛，疼痛可以传导到阴茎头、会阴部或直肠，可呈刀割样剧烈疼痛。

排尿困难：尿道结石堵塞尿道引起不同程度的排尿困难，可有尿线变细、分叉及尿无力，伴有尿频、尿急及尿滴沥，继发性尿道结石，多突然发生排尿中断并有强烈尿意，阻塞严重时出现残余尿和尿潴留（尿拉不干净或完全拉不出来），甚至出现小便难以控制、失禁（充溢性尿失禁，有时可出现急迫性尿失禁）。

血尿及尿道分泌物：急诊病人常有血尿或排尿结束时有少许鲜血滴出，伴有剧烈疼痛，慢性病人同时有感染，尿道常有粘液性或脓性分泌物。

尿道压痛及硬结：绝大多数患者都能在尿道结石局部摸到硬结并有压痛，有些患者可通过直肠指诊（用手通过肛门触摸检查）触及，尿道憩室内的多发性结石，可摸到结石的沙石样摩擦感。

其他症状：结石长期对局部的刺激，可引起尿道炎症、狭窄、尿道周围脓肿及尿瘘，甚至引起一系列肾脏输尿管的损害，有些尿道结石可产生性交痛及性功能障碍。