窦房结纤维化：不明原因的窦房结硬化性退行性病变，会导致窦房结功能出问题，这是最常见的病因。

某些药物和毒物：可影响窦房结的正常功能，如 β 受体阻滞剂（常用于治疗高血压、心律失常）、非二氢吡啶类钙通道阻滞剂（常用于治疗心律失常）、地高辛（常用于治疗心力衰竭）、乙酰胆碱酯酶抑制剂（常用于治疗帕金森氏病）。

各种后天性的心脏疾病：可引起窦房结缺血、炎症损害，比如冠心病、心肌病、心肌炎、高血压性心脏病等。

先天性心脏病和家族遗传性疾病：儿童的 SSS 非常少见，主要见于有先天性心脏病（特别是心脏术后）和家族遗传性疾病的孩子，影响了窦房结的功能，这些情况是比较少见的病因。

全身性疾病：如淀粉样变、结节病、硬皮病、血色病等，如果侵犯到窦房结，也会引起窦房结功能障碍，这些疾病本身就比较少见。

炎性疾病：如风湿热、心包炎等。