根尖周脓肿急性发作时，一般会感觉患牙牙根部位长时间的，不间断的，剧烈的跳痛，感觉患牙变长了，变松了，不敢吃东西、不敢咬合，牙龈肿胀不适。
如果不经过有效治疗，疼痛症状会加剧，病人十分痛苦，并出现牙龈压痛，肿痛加重，区域有淋巴结肿大，面部水肿，出现温度升高（38℃ 以上）、白细胞计数增高等全身症状。
最后，当脓液穿破骨膜进入粘膜下时，上述症状有所减轻，根尖部牙龈肿胀局限，出现脓疱。当脓疱破溃后，病程进入慢性阶段。

慢性根尖周脓肿：一般无明显疼痛，只有咀嚼乏力或不适，可有牙龈反复肿包病史，或者有瘘管。

不舒服的牙齿常被发现有深龋、充填体或者牙体楔状缺损等疾病。

当根尖周脓肿急性发作之前，在病理上有一个浆液期，是急性根尖周炎的第一个阶段：这个时期，患者自觉患牙咬合不适，根尖部发木、有伸长的感觉，但是患者紧紧咬牙时，疼痛缓解。

后期症状逐渐加重，进入急性化脓期：开始，脓液局限在根尖周围，患牙牙根部位出现持续剧烈跳痛；然后，脓液进入骨膜下，因为组织致密，压力增大，疼痛症状会加剧，并出现全身症状；

最后，当脓液突破骨膜，进入黏膜下，上述症状有所减轻，根尖部牙龈肿胀局限，出现脓疱。

向唇侧或者舌侧牙龈排脓，形成瘘道；

向颌面部皮肤排脓，形成皮瘘；

经牙周膜在龈沟或龈缘处排脓，破坏牙周组织，预后较差；

向邻近器官或组织排脓，如上颌窦、鼻腔等；

向骨髓腔扩散，导致颌骨慢性骨髓炎。

感染因素：因为「龋齿」导致的「牙髓炎」是发生根尖周脓肿的常见原因，也是牙痛的常见原因；

创伤因素：牙齿可能原来外伤过，或者有牙合创伤，比如吃饭硌到过；

化学刺激：以前可能经过不恰当的牙髓治疗。根管治疗过程中不按医嘱复诊，封药时间过长导致的根尖周围炎症也属于这一种。