小肠分泌肠液，与胃液、胆汁、胰液共同参与食物消化，小肠面积大是食物消化后营养物质的主要吸收部位。

小肠还有分泌激素的功能，主要还是参与消化吸收活动。

肠腔内有很多细菌，肠道粘膜有屏障和防御的功能。

早期主要表现腹泻、脱水、电解质紊乱等，其中长期电解质紊乱（如低钙、低钾等）可引起手足抽搐、骨质疏松、肌无力、恶心、呕吐、食欲差等症状。

后期因残留肠管消化吸收营养不足，主要表现为贫血、体重减轻、肌肉萎缩、维生素缺乏，胆结石、肾结石发病率升高等。

儿童短肠综合征患者，长期营养物质吸收不良，可能引发：

水样泻：水样泻是儿童 SBS 最常见的早期并发症，也可能是慢性或复发性问题。

导管相关并发症：需要长期胃肠外营养的患者有可能会发生和留置中心静脉导管(central venous catheter, CVC)有关的并发症，包括 CVC 相关血流感染和机械性问题，如 CVC 破损和闭塞。

肝胆疾病：需要长期胃肠外营养的 SBS 患者有发生肝脏疾病和胆石症的风险。

其他：食管炎/消化性溃疡病、小肠细菌过度生长、D- 乳酸酸中毒、消化道动力障碍等。

成人短肠综合征患者，短肠综合征( SBS )的慢性并发症包括营养异常、小肠细菌过度生长引起的关节炎和结肠炎、肠源性高草酸尿、D- 乳酸酸中毒、导管性脓毒症以及与胃肠外营养有关的肝胆疾病。

成人短肠综合征的病因通常是由克罗恩病、恶性肿瘤、辐射或血管功能不全导致的肠道手术切除。

婴幼儿中最常见的短肠综合征的病因是坏死性小肠结肠炎和先天性肠疾病(如肠闭锁或腹裂)。