溃疡型： 当机体免疫力较低下，或结核菌毒力较强时，肠结核常出现干酪样坏死并颁发闭塞性动脉炎，导致肠粘膜水肿坏死，形成大小、深浅不一的溃疡沿肠壁淋巴管道平行发展，与肠道直径垂直，称之为溃疡型肠结核。
增生型： 当入侵结核菌毒力较低或机体免疫力较高时，病变多局限，形成增生型肠结核。增生型肠结核多位于回盲部，也见于升结肠或盲肠，主要表现为肠壁增厚，肠粘膜出现大小不一的息肉样肿块，也可出现多个小溃疡，严重者可出现肠腔狭窄。
肠道感染： 多因开放性肺结核患者咽下含有结核菌的痰液，或正常人与开放性肺结核患者共同饮食而未采取有效隔离措施，使结核分枝杆菌进入肠道诱发感染。极少部分患者可因误饮被结核均污染的牛奶而引起肠结核。
血行播散： 急性粟粒型肺结核的患者，结核杆菌经血行传播，有 50% 以上的患者合并肠结核。
直接侵犯： 肠道附近脏器发生结核，如肾结核、盆腔结核等直接侵犯肠道，也可引起肠结核。