疼痛:是最为常见的症状。可表现为痛经、慢性盆腔痛、性交痛、急腹痛。
痛经：为内异症最典型表现。典型痛经多于月经前 1～2 天开始出现，月经第 1 日最剧烈，以后逐渐减轻，部位多为下腹深部、腰骶部，可放射至会阴、肛门、大腿内侧。
慢性盆腔痛：少数患者表现为下腹、盆腔慢性钝痛，经期加重。
性交痛：部分患者可出现性交时痛，月经来潮前更明显。
急性腹痛：卵巢子宫内膜异位囊肿常由于经期囊内出血，压力增加而发生破裂，轻者仅为突发的一过性下腹部或盆腔深部疼痛，如较大破裂导致囊内较多液体流入盆腔，可引起突发剧烈腹痛，伴恶心、呕吐和肛门坠胀。急腹痛多发生在经期前后 2～3 日或月经期间，破裂前多有性生活或其他腹压增高的活动（如屏气用力等）。
月经异常：15%～30% 的患者可有月经量多、经期延长或月经淋漓不尽。
不孕：内异症患者不孕率高达 50%，主要与内异症病灶反复周期性变化导致盆腔解剖结构异常、盆腔微环境改变、自然流产率增加，卵巢内异症患者可伴有卵巢功能异常。