囊型包虫病通常处于临床潜伏期而无症状，患者常在感染多年后体检时偶然发现，甚至终身无明显症状。
由于肝包虫病最为常见，最多见的临床症状为右上腹钝痛、腹胀等。其他部位的包虫病则引起寄生器官的症状，如肺包虫病患者可有咳嗽、咳痰、咯血，脑包虫病可有偏瘫、癫痫等表现。
囊肿形成时间长、体积大时，可有体重减轻、消瘦、贫血。
儿童患者可出现发育迟缓、智力低下，但治疗后可很快好转。
肝包虫病自身症状外，可产生一系列并发症，如细菌侵入导致发热、肝脓肿等，囊肿压迫胆管导致胆汁排出障碍，进而出现皮肤黄染、腹胀、食欲减退等，囊肿破裂导致过敏性休克等。